Examples

Structures with pseudoknots | 16s rRNA (Large structures with over 1500 bases)

The structure data of the following structures are from Comparative RNA Web (CRW) Site (http://www.rna.ccbb.utexas.edu/).
Afipia broomeae (AY568503)
	#Afipia broomeae UGAAUUUGCGGCCGCGAAUUCGCCCUUGUUUGAUCCUGGCUCAGAGCGAA CGCUGGCGGCAGGCUUAACACAUGCAAGUCGAGCGGGCGUAGCAAUACGU CAGCGGCAGACGGGUGAGUAACGCGUGGGAACGUACCUUUUGGUUCGGAA CAACACAGGGAAACUUGUGCUAAUACCGGAUAAGCCCUUACGGGGAAAGA UUUAUCGCCGAAAGAUCGGCCCGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAA CGGCUCACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCA CAUUGGGACUGAGACACGGCCCAAACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGA AUAUUGGACAAUGGGCGCAAGCCUGAUCCAGCCAUGCCGCGUGAGUGAUG AAGGCCCUAGGGUUGUAAAGCUCUUUUGUGCGGGAAGAUAAUGACGGUAC CGCAAGAAUAAGCCCCGGCUAACUUCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGA AGGGGGCUAGCGUUGCUCGGAAUCACUGGGCGUAAAGGGUGCGUAGGCGG GUCUUUAAGUCAGGGGUGAAAUCCUGGAGCUCAACUCCAGAACUGCCUUU GAUACUGAAGAUCUUGAGUUCGGGAGAGGUGAGUGGAACUGCGAGUGUAG AGGUGAAAUUCGUAGAUAUUCGCAAGAACACCAGUGGCGAAGGCGACUCA CUGGCCCGAUACUGACGCUGAGGCCACGAAAGCGUGGGGGAGCAAACAGG AUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAAUGCCAGCCGUUGG AAAGUUUACUUUUCAGUGGCGCAGCUAACCGCUUUAAGCAUUCCGCCUGG GGAGUACGGUCGCAAGAUUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCAC AAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGACGCAACGCGCAGAACCUUACCA GCCCUUGACAUGUCUAUGACCGGUACCAGAGAUGGAACCUUCCCUUCGGG GCAUAGAGCACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUG UUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGUCCUUAGUUGCUACCAU UUAGUUGAGCACUCUAAGGAGACUGCCGGUGAUAAGCCGCGAGGAAGGUG GGGAUGACGUCAAGUCCUCAUGGCCCUUACGGGCUGGGCUACACACGUGC UACAAUGGCGGUGACAAUGGGACGCUAAGGGGCAACCCUUCGCAAAUCUC AAAAAGCCGUCUCAGUUCGGAUUGGGCUCUGCAACUCGAGCCCAUGAAGU UGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGCAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCG GGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUUGGUUUUACCUGAAG ACGGUGCGCUAACCGAAAGGGGGCAGCCGGCCACGGUAGGGUCAGCGACU GGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAUCAC CUCCUUAAGGGCGAAUUCGUUUAAACCUGCAGGACUAGUCCCUUUAGUGA GGGUAAUUC .........................(((((...[[[.))))).((((. ((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((((....))) )))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.(((( ....(((((((....))))))).....)))).....(((....))).... ((....)).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.. .....))))))))))).....))))..((((((((....))))...)))) ))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).) .....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((.. ....((((....)))).....)))).(.[((((((...(.......)... .))))))..)]..((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......] ]]]]))))).))))))))))..........(((((...[.((((.(.((( .(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..))))) ))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((.. .(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))) )))).)))))).)))...))))..)).))....((((((....((...(( ((.........))))...))))))))..........[[[[[[..(((((( ((((((....))))))))))))...[[..).)]].....]]]]]]]))). (((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((. ((..(((((((((((((((((....((((........))))........( ((((((.....((((((((....(((((((....))))))).((((.... ))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)) )..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..( (......))))....)))))))..((((((((.....)))).)))).... .))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))) )))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....) ))....)))))))......(...((((((((........))))))))... ).....))))).....((((((((.......))))))))......))... )))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((... .((((((.((((..((....)).))))))))))...)))))))))))).. ))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).... .................................................. ...........
Sphingomonas sp. BR12195 (DQ340858)
	#Sphingomonas sp. BR12195 AGGCGCUGGGUACUCGGUAAAAGCUUAAGCCGUUUCGCAUAGUCCUUACA CGUUUCCAUACGUGAAUAGAUUUGUGCAGGAACGGCUCCUAGAAAUGAGC UGCUGCGCGAUGGCACAUUCCGGCUGUCGCGCGGUGGGAGAUCAAACCGG ACAAGGUAACCUUGGCUCAGAACGAACGCUGGCGGCAUGCCUAACACAUG CAAGUCGAACGAGAUCUUCGGAUCUAGUGGCGCACGGGUGCGUAACGCGU GGGAAUCUGCCUUGGGGUUCGGAAUAACUCCCCGAAAGGGGUGCUAAUAC CGGAUGAUGUCGAAAGACCAAAGAUUUAUCGCCCUGAGAUGAGCCCGCGU AGGAUUAGCUAGUUGGUGUGGUAAAGGCGCACCAAGGCGACGAUCCUUAG CUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGAC UCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGGACAAUGGGCGAAAGCCUGA UCCAGCAAUGCCGCGUGAGUGAUGAAGGCCUUAGGGUUGUAAAGCUCUUU UACCCGGGAAGAUAAUGACUGUACCGGGAGAAUAAGCCCCGGCUAACUCC GUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGGGCUAGCGUUGUUCGGAAUUAC UGGGCGUAAAGCGCACGUAGGCGGCUUUGUAAGUCAGAGGUGAAAGCCUG GAGCUCAACUCCAGAACUGCCUUUGAGACUGCAUCGCUUGAAUCCAGGAG AGGUGAGUGGAAUUCCGAGUGUAGAGGUGAAAUUCGUAGAUAUUCGGAAG AACACCAGUGGCGAAGGCGGCUCACUGGACUGGUAUUGACGCUGAGGUGC GAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUA AACGAUGAUAACUAGCUGUCCGGGCACUUGGUGCUUGGGUGGCGCAGCUA ACGCAUUAAGUUAUCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAA AGGAAUUGACGGGGGCCUGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGA AGCAACGCGCAGAACCUUACCAGCGUUUGACAUGGUAGGACGACUGGCAG AGAUGCCUUUCUUCCCUUCGGGGACCUACACACAGGUGCUGCAUGGCUGU CGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAAC CCUCGACUUUAGUUACCAUCAUUAAGUUGGGUACUUUAAAGUAACCGCCG GUGAUAAGCCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCCUCAUGGCCCUUA CGCGCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCAAGUACAGUGGGCAGCAAUC CCGCGAGGGUGAGCUAAUCUCCAAAACUUGUCUCAGUUCGGAUUGUUCUC UGCAACUCGAGAGCAUGAAGGCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCAU GCCGCGGUGAAUACGUUCCCAGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAU GGAGAGUUGGGUUCACCCGAGAGGCGUUGCGCUAACUCGCAAGAGAGGCA GGCGACCACG .................................................. .................................................. .................................................. .(((((...[[[.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(( (..(((..((((((((....)))))))))))......(((......(((( ((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....) ))).....(((....)))....((....)).)))))))..)))))))))) (((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..( (((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).( (((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))). )))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(. [((((((...(.......)....))))))..)]..((((((((...[[[[ [.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))........ ..(((((...[.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((( (((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((. .(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))). .))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..)))) ....((((((...((...((((.........))))...)))))))).... ......[[[[[[..((((((((((((.....))))))))))))...[[.. ))]].....]]]]]]]))).(((......((((....))))....))).. .]]]..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((. .......))))........(((((((.....(((((((....(((((((. ...))))))).(.(((....))).))))).))).((.((((..((((((( ((...(((((((((....)))..((((......))))..))))))..... ((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..(((((( ((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))... .)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...( ((....)))...))....)))....)))))))......(...(((((((( ........))))))))...).....))))).....((((((((....... ))))))))......))...)))))))))).)).................. ................(.....((((((.((((..(((....))).)))) ))))))...)
Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus (L09161)
	#Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus UUUGAUCCUGGCUCAGGACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAACACAUGCAAG UCGAGCGGUCCGGCACUCAACUAAGUGCUUACUUAAGGGGAAGAAGUNUA GUAGAAGAAGAAAGUAAUAAAAGUGGUGCAAAGUAAGGUAAGCACGGAGU UGAGUGCCGGAUAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGCAACCUACCC UUCAGACCGGGAUAACACCUCGAAAGGGGUGCUAAUACUGGAUAAGCUCC UUGUAGGGCAUCCUAUGAGGAGGAAGGUAGCGGAACUACCGCUUAAGGAU GGGCCCGCGUCCCAUCAGCUAGUUGGUAGGGUAACGGCCUACCAAGGCGA CGACGGGUAGCCGGCCUGAGAGGGUGGUCGGCCACACUGGGACUGAGACA CGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUCUUGCGCAAUGGGC GAAAGCCUGACGCAGCGACGCCGCGUGAGCGAAGAAGGCCUUCGGGUCGU AAAGCUCGAUAGUGUGGGAAGAAUAGAUGACGGUACCACACGAAAGCCCC GGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACGUAGGGGGCGAGCGUUGU CCGGAAUUACUGGGCGUAAAGGGCGCGUAGGCGGCCACUUAAGUCAGGUG UAAAAAACCCGGGCUCAACCCGGGGGAUGCACAUGAAACUGGGUGGCUAG AGGGCAGGAGAGGGGAGUGGAAUUCCCGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGA UAUCGGGAGGAAUACCAGUGGCGAAGGCGACUCUCUGGACUGACCCUGAC GCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGU CCACGCCGUAAACGAUGGGUACUAGGUGUGGGAUGCGGAAGCAUUCCGUG CCGUAGUUAACGCAAUAAGUACCCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUU GAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGU UUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUGCAGGUAG UAGCGAGCCGAAAGGUGAGCGACCCGGCACUCAAGUGGGCAUGAUAGAGA AGGUAGUAAGAGGGAGAAUGAAGUGCCUACUUGAGUGCCGGGAGCCUGCA CAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAG UCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGCUUCUAGUUGCCAGUCCGUCACUCAAC UGAACAUGUUAGGAAAGAGUAGAGAGGAAGGGAUAGCGUGUUCAGUUGAG UGACGGAGGCACUCUAGAGGGACUGCCGUGGACAACACGGAGGAAGGUGG GGAUGACGUCAAAUCAUCAUGCCCUAUAUGCCCUGGGCCACACACGUGCU ACAAUGGCCGGUACAGAGGGAGGCGAAGGAGCGAUCUGGAGCGGACCCCA AAAAGCCGGUCCAAGUUCGGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGU CGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCG GGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGAGAGUCUGCAACACCCGAAG GCGGUGACCCAACCCGGCACUCAAGUGGGCAUGUUAAAACGUGAUGAAGA GAAAAAAAACGUGCCCANUGGANUGCCGGAGGGAGCCGCCGAAGGUGGGG CAGAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGG CUGGAUCACCUCCUUUCU ((...[[[.))....((((.((((((.(((((((((....(((.(((..( ((..(((((......................................... .................................................. ..........))))))))......(((......((((((((..((...(( (((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....(((( (((((((....)))))))))))...(((.........))).))))))).. ))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).. ...))))..((((((((....))))...))))))).((((((........ ..)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...((((( ....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).. ...)))).(.[((((((...(.........)....)))))))]..((((( (((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).)))))))) ))..........(((((...[.((((.(.(((.(((((((.((((((((( ((....(((((((.....))))))).).))))))))..)))))))))... (((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))..... .))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))... ))))..))))....((((((...((...((((.........))))...)) ))))))..........[[[[[[..(((((((((((......))))))))) ))...[[..))]].....]]]]]]]))).(((......((((....)))) ....)))...]]]..(((((.(((((((.((..((((((((((((((((( ....((((........))))........(((((((.....((((((.((. ..(((((((....)))))))..((...........((............. ..........................))............)))).))))) ).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((..... .))))..)))))).....((((.(((((((...((..((........... .................................................. .....))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....)) ))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))) ))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))). ....)))))))......(...((((((((........))))))))...). ....))))).....((((((((.......))))))))......))...)) )))))))).))..(.((.((.(.((((((((..((((((((((((....( (((((.((((..((.................................... ...........................)).))))))))))...))))))) )))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))) )))...............