Tetrahymena Group I Intron (RNA, 10: 1730-1739, 2004; Structure data from XRNA) |
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C.botulinum tmRNA intron (Nucleic Acids Res. 30 (1): 179-182, 2002) |
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DiGIR1 (Nucleic Acids Res. 28 (10): 2194-2200, 2000) |
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E.coli tmRNA (tmRDB; http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/rna/tmrna.html) |
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HCV_IRES (Nucleic Acids Res. 29 (12): 2535-2541, 2001) |
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Odontoglossum ringspot virus (PseudoBase; http://wwwbio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html) |
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td group I intron of bacteriophage T4 (Nucleic Acids Res. 27 (12): 2494-2502, 1999) |
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Sequence uuggguUAAUUGAGGCCUGAGUAUAAGGUGACUUAUACUUGUGAAUCUAU CUAAACGGGGAACCUCUCUAGUAGACAAUCCCGUGCUAAAUUGUAGGACU GCCCGGGUUCUACAUAAAUGCCUAACGACUAUCCCUUUGGGGAGUAGGGU CAAGUGACUCGAAACGAUAGACAACUUGCUUUAACAAGUUGGAGAUAUAG UCUGCUCUGCAUGGUGACAUGCAGCUGGAUAUAAUUCCGGGGUAAGAUUA ACGACCUUAUCUGAACAUAAUGcauc Structure data (((((((......)))))))(((((((....))))))).......((((( (...((((((....(((.....)))...))))))((.....((((((((( .....))))))))).....))...[.[[[[[.(((....)))(.(((((( (....))))))))..))))))(((((((......)))))))......]]] ]]]...(((((((....)))))))(.(((......))))(((((((.... .....))))))).............. |
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Cyanophora paradoxa cyanelle tmRNA (http://www.bioinf.au.dk/tmRDB/rna/tmrna.html) |
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Sequence GGGGCUGUUUAGGUUUCGACGUUUUUUUCUAAUUAUGUUUGUUAAGCAAG UCGAGGAUUUGUUCUAUCUCGAAAACUAAGAACUCUCAAAAUUUAAACGC AACUAAUAUUGUACGUUUUAACCGUAAAGCAGCUUUCGCUGUUUAAUAAU UACUUUUAAUUUAAAAACCUAAUUUUUUUAGGAAUUUAUUUAUUUAUUGU UUAUCCUGCUUAAUGAAUUAAAAAAAGCUAUACUUGUGAAUAAACGCAUA AUUUAAAAAAACGGACGUGGGUUCAAAUCCCACCAGCUCC Structure data (((((((............((((((((...((((((((...((...(((( ((((((..[[.[[...)))))......]].]].................. .................................................. .................................................. ...............................))))).....))..))))) )))..))))))))...(((((.......)))))))))))) |
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satellite tobacco mosaic virus (J. Gen. Virol., 75: 2851-2856, 1994) |
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Sequence UGAACCUCGACAUAAGCCUUUUGGAUCGAAGGUUAAACGAUCCGCUCCUC GCUUGAGCUUGAGGCGGCGUAUCUCUUAUGUCAACAGAGACCACUUUGGU CUAUGGUUGUAUAACAAUAGAUAGACUCCCGUUUGCAAGAUUACAAUUGG GAGAUCUUGCCGUUAGUCUGGUUAGCGCGUAACCGGCCUUGAUUUAUGGA AUAGAUCCAUUGUCCAAUGGCUUUGCCAAUGGAACGCCGACGUGGCUGUA UAAUACGUCGUUGACAAGUACGAAAUCUUGUUAGUGUUUUUCCCUCCACU UAAAUCGAAGGGUUUUGUUUUGGUCUUCCCGAACGCAUACGUUAGUGUGA CUACCGUUGUUCGAAACAAGUAAAACAGGAAGGGGGUUCGAAUCCCUCCC UAACCGCGGGUAAGCGGCCCA Structure data ..............((((((..[[[[[[))))))...]]]]]]((((.[[ [[[[))))...]]]]]]((((.[[[[)))).....]]]]........((( ((((.(((((...)))))..))))))).......((((((((........ ..)))))))).(((((.(((((((.....)))))))..)))))..((((( .....)))))..((((.((((...)))).))))..(((.[[[[))).... ....]]]](((.[[[[[[.)))....]]]]]]((((.....[[[[[)))) ......].]]]].(((((((....[[[[[((((((...(((.(((..... ))).)))))))))))))))).......]]]]]((((.......))))((( ...[[[[)))...]]]].... |
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satellite tobacco necrosis virus 1 (PseudoBase; http://wwwbio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html) |
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Sequence UAAUCCCAGAGGUUCACAAUGUUAGUGAUGGGGCGCUGAAAGAUGCGUAG CUACCCUUCUGGAGCCACUUCCUGGUGGUAAGCAGAAAUCCAAGGGUACG GUGGUACGGUGGAAAGCAGUCCCAGCUCUGCAUUGGGAACCGGCUUACAC CCAGCUUAGGGCUAAAGUGUACUACUUGCUCAUUUGUAGUCUAAAUGAGA CGUUGGCCUCGACGUGUCGAGGUGGCCUAAGGGAUUGGAACCCCUGAUGG UC Structure data ............(((..................(((.........((((. .((((((..(((((((((......))))).........)))))))))).. ....))))))))))(((..[[[[[)))......]]]]]....(((....[ [[)))...]]].........(((((...[[[[[[[)))))..]]]]]]]( (((..[[[[[[))))..]]]]]]((((..((((........))))...)) )) |
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tobacco mosaic virus (Pseudobase; http://wwwbio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html) |
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Sequence UGCAACUUGAGGUAGUCAAGAUGCAUAAUAAAUAACGGAUUGUGUCCGUA AUCACACGUGGUGCGUACGAUAACGCAUAGUGUUUUUCCCUCCACUUAAA UCGAAGGGUUGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAU ACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCC CCGGUAGGGGCCCA Structure data ((((.(((((.....))))).)))).........(((((.[[[[))))). ..]]]](((.[[[[[[)))...]]]]]]((((.....[[[[[)))).... ..].]]]].(((((((....[[[[((((.....((((((((.....)))) ))))))))))))))).......]]]]((((.......))))(((...[[[ [)))..]]]].... |
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turnip yellow mosaic virus (PseudoBase; http://wwwbio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html) |
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Sequence UUAGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCCCCACACGACAGAUAAUCGGGUG CAACUCCCGCCCCUUUUCCGAGGGUCAUCGGAACCA Structure data ....(((((......))))).((((((.......))))))....((((.. .....))))(((...[[[[[[)))...]]]]]]... |
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Coxsackie (Seminars in Virology 8: 166-175, 1997) |
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Sequence UUUUAGAUUAgAGACAAUUUGAAAUAAUUUAGAUUGGCUUAACCCUACUG UGCUAACCGAACCAGAUAACGGUACAGUAGGGGUAAAUUCUCCGCAUUCG GUGCGGAAAAAAAA Structure data ((((....(.(((.(((((((((....))))))))).))).)(((((((( ((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((.(((((.]]]] ]]))))).)))))) |
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E. coli Cysteiny1-tRNA (Structure Fold Des. 7: 143-156, 1999) |
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Sequence GGCGCGUUAACAAAGCGGUUAUGUAGCGGAUUGCAAAUCCGUCUAGUCCG GTUCGACUCCGGAACGCGCCUCCA Structure data ((((.((.(.[.)..(.(....]..(...............)....[[[[ [..)..).]]]]])).)))).... |
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Hepatitis delta virus (Pseudobase; http://wwwbio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html and PNAS. 97: 6515-6520, 2000) |
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Sequence UGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACAUUCC GAGGGGACCGUCCCCUCGGUAAUGGCGAAUGGGACCCACAAAUCUCUCUA GAUUCCGAUAGAGAAUCGAGAGAAAAGUGGCUCUCCCUUAGCCAUCCGAG UGGACGUGCGUCCUCCUUCGGAUGCCCAGGUCGGACCGCGAGGAGGUGGA GAUGCCAUGCCGACCC Structure data .(((((((..[[[[[[[(((.[[.....))))))))))]]....(((((( (((((((...))))))))).)))).....]]]]]]]......((((((.. (((((.......)))))))))))....(((((.......)))))(((((( .((((....))))...))))))......((((((..........((((.. ..))))...)))))). |
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E. coli alpha operon mRNA (Pseudobase; http://biology.leidenuniv.nl/~batenburg/PKBase/PKB00071.html) |
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Sequence UGUGCGUUUCCAUUUGAGUAUCCUGAAAACGGGCUUUUCAGCAUGGAACG UACAUAUUAAAUAGUAGGAGUGCAUAGUGGCCCGUAUAGCAGGCAUUAAC AUUCCUGA Structure data (((((((.(((((........[[[[....[[[[....{{{{.)))))))) ))))..........................]]]].....]]]]....... ....}}}} |