Examples

Structures with pseudoknots | 16s rRNA (Large structures with over 1500 bases)

Tetrahymena  Group I Intron (RNA, 10: 1730-1739, 2004; Structure data from XRNA)
	#Tetrahymena Group I Intron 1 UAAAUAGCAAUAUUUACCUUUGGAGGGAAAAGUUAUCAGGCAUGCACCUG GUAGCUAGUCUUUAAACCAAUAGAUUGCAUCGGUUUAAAAGGCAAGACCG UCAAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGG AAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUG GUCCUAACCACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGAUCUUCUGUUGAUAUG GAUGCAGUUCACAGACUAAAUGUCGGUCGGGGAAGAUGUAUUCUUCUCAU AAGAUAUAGUCGGACCUCUCCUUAAUGGGAGCUAGCGGAUGAAGUGAUGC AACACUGGAGCCGCUGGGAACUAAUUUGUAUGCGAAAGUAUAUUGAUUAG UUUUGGAGUACUCGUAAGGUA ((((..............))))(((((...((((((((((......)))) )))))).((((((((((((((.......)))))))))).))))..((((( (((...((((((....(((......((((.(((((((((((((((((((. ...)))))))))))(((.....)))....)))....).)))))))).... .)))...)).))))(((..((((...((((((((.....))))))))..) )))..)))...[.[[[[[..))))))))((((((((.....)))))))). ......]]]]]]((...(((((....)))))(((((((....((((.... ..))))....))))))).(((((((((((((((....))))))))))))) )).........))........ #exon 1 /CUCUC /)))))
C.botulinum tmRNA intron (Nucleic Acids Res. 30 (1): 179-182, 2002)
	Sequence agggguucgaUUCAAAAGAGUCGCCUUAUGAAGUGAUUCAUAAGUGAAAA CUUGGCUUUAUCGGUGAAACCGAAACGUAAAGACGUCGGCAAUACCGAGU GGUAUGUGGGGAAACCCAAACAGCCGUGUUCGACUCAUAGGUUUCUUAAC CUUAAGAAAUGAAAUUUUCUUAAGUAAGAAAUCUAGGAUAGAAGUUUUAA ACUAUAAUAUAGCUUCUAUAACAUGCCAAGGUACUUAAAACUUAUAAGUU UUAAGCACGAGAUAUAGUCAGUGCCAUUAGAGAUAAUGGAAUAGCAUGuc cccu Structure data ((((...((((((....)))))).((((((((....))))))))...... ((((((....((((((...((((..(((....)))))))...))))))(( (((...((((....))))....)))))..[.[[[[..(((((((((.... (((((((((......)))))))))..)))))))))..(((((((((.((. .......)).))))))))).....))))))((.(((((((((....)))) ))))).)).......]]]]](((((((((....)))))).....)))... ))))
DiGIR1 (Nucleic Acids Res. 28 (10): 2194-2200, 2000)
	Sequence GGGUUGGGAAGUAUCAUGGCUAAUCACCAUGAUGCAAUCGGGUUGAACAC UUAAUUGGGUUAAAACGGUGGGGGACGAUCCCGUAACAUCCGUCCUAACG GCGACAGACUGCACGGCCCUGCCUCUUAGGUGUGUUCAAUGAACAGUCGU UCCGAAAGGAAGCAUCCGGUAUCCCAAGACAAUC Structure data ...((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((.(((((( ......(((((...((((((((((....))))....)).))))((....) )...[.[[[[[...))))).((((...))))))))))......]]]]]]( (((....))))..))))))).)))))).......
E.coli  tmRNA (tmRDB; http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/rna/tmrna.html)
	Sequence GGGGCUGAUUCUGGAUUCCACGGGAUUUGCGAAACCCAAGGUGCAUGCCG AGGGGCGGUUGGCCUCGUAAAAAGCCGCAAAAAAUAGUCGCAAACGACGA AAACUACGCUUUAGCAGCUUAAUAACCUGCUUAGAGCCCUCUCUCCCUAG CCUCCGCUCUUAGGACGGGGAUCAAGAGAGGUCAAACCCAAAAGAGAUCG CGUGGAAGCCCUGCCUGGGGUUGAAGCGUUAAAACUUAAUCAGGCUAGUU UGUUAGUGGCGUGUCCGUCCGCAGCUGGCAAGCGAAUGUAAAGACUGACU AAGCAUGUAGUACCGAGGAUGUAGGAAUUUCGGACGCGGGUGCAACGCCC GCCAGCUCCACCA Structure data (((((((.............((((((((.....((((..((((((((((( (((.[[[[[[..))))).....]]]]]]...................... .......((((((((((.........)))).))))))(((((((((((.. (((...[[[[[)))..))))....)))))))..........]]]]]...( (((...((((..[[[[[[))))...))))..........]]]]]]..((( (((((((.(((.[[[.[[[))).)))))))))).........]]].]]]. ..)))))...))))..))))....))))))))...(((((.......))) )))))))))....
HCV_IRES (Nucleic Acids Res. 29 (12): 2535-2541, 2001)
	Sequence GCCAGCCCCCGAUUGGGGGCGACACUCCACCAUAGAUCACUCCCCUGUGA GGAACUACUGUCUUCACGCAGAAAGCGUCUAGCCAUGGCGUUAGUAUGAG UGUCGUGCAGCCUCCAGGACCCCCCCUCCCGGGAGAGCCAUAGUGGUCUG CGGAACCGGUGAGUACACCGGAAUUGCCAGGACGACCGGGUCCUUUCUUG GAUCAACCCGCUCAAUGCCUGGAGAUUUGGGCGUGCCCCCGCGAGACUGC UAGCCGAGUAGUGUUGGGUCGCGAAAGGCCUUGUGGUACUGCCUGAUAGG GUGCUUGCGAGUGCCCCGGGAGGUCUGGUAGACCGUGCACCAUGAGCACG AAUCCUAAACCUCAAAGAAAAACCAAACGUAAC Structure data ....((((((....)))))).......................((((.(( ((............((((((...((((((.......))))))....)))) ))........))))))))......(((((((((((.(((((((((((((( (((..((((((....))))))((((.(((((..((.(((((......... .....))))).))....))))).)))).(((....))))))).))))))) ))((((..(.(((......))).).))))....)))).))(((......) ))((.[[[[[[.))))))))))).]]]]]]((.(((((.......))))) ..)).............................
Odontoglossum  ringspot virus (PseudoBase; http://wwwbio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html)
	Sequence UUCCUAAUCAUAUUUAGGAAAAUAACGUUGAUAGUGUUGAACUAUCCGUG GUGCAUACGAUAAUGCAUAGUGGUUAUCCCUCCACUUAAAUCGAAGGGUU UUUCACUGCGGAUAUGUAGGUUUCCUCGGUGAAUAUAAAACUUAUAUCCC GUUGUGUACACGAUAGUACAUAGUGUUUAUCCCUCCACUUGAAUCGAAGG GUUUUGUGUCAGACGCGUGUAAGGAGUGGUCAACCUUACGACACAUUUAA AUAAUGCGUCCGUGGUGCAUACGAUAAUGCAUAGUGUUUGUCCCUCCACU UAAAUCGAAGGGUUGUGUAUAUGGAUCAUGCGGAUAAAGUUAUACUGGUG CAGUAUAACCCGUUAUACACAUAAAAUUAUGAGGGAUUCGAAUUCCCCCU UACCUCGGGUAGAGGCCCA Structure data (((((((......)))))))..((((((.[[[[))))))...]]]](((. [[[[[[)))...]]]]]]((((.....[[[[[))))......].]]]].. .(((((....[[[[((.(((...))))))))))...........]]]].( ((.[[[[[[)))...]]]]]]((((.....[[[[[))))......].]]] ]...(((((...[[[[.(((((((.........))))))))))))..... ....]]]]..(((.[[[[[[)))...]]]]]]((((.....[[[[[)))) ......].]]]].((((((((....[[[[((((.....((((((((.... .)))))))))))))))))))).......]]]]((((.......))))((( ..[[[[)))..]]]]....
td group I intron of bacteriophage T4 (Nucleic Acids Res. 27 (12): 2494-2502, 1999)
	Sequence uuggguUAAUUGAGGCCUGAGUAUAAGGUGACUUAUACUUGUGAAUCUAU CUAAACGGGGAACCUCUCUAGUAGACAAUCCCGUGCUAAAUUGUAGGACU GCCCGGGUUCUACAUAAAUGCCUAACGACUAUCCCUUUGGGGAGUAGGGU CAAGUGACUCGAAACGAUAGACAACUUGCUUUAACAAGUUGGAGAUAUAG UCUGCUCUGCAUGGUGACAUGCAGCUGGAUAUAAUUCCGGGGUAAGAUUA ACGACCUUAUCUGAACAUAAUGcauc Structure data (((((((......)))))))(((((((....))))))).......((((( (...((((((....(((.....)))...))))))((.....((((((((( .....))))))))).....))...[.[[[[[.(((....)))(.(((((( (....))))))))..))))))(((((((......)))))))......]]] ]]]...(((((((....)))))))(.(((......))))(((((((.... .....)))))))..............
Cyanophora paradoxa cyanelle  tmRNA (http://www.bioinf.au.dk/tmRDB/rna/tmrna.html)
	Sequence GGGGCUGUUUAGGUUUCGACGUUUUUUUCUAAUUAUGUUUGUUAAGCAAG UCGAGGAUUUGUUCUAUCUCGAAAACUAAGAACUCUCAAAAUUUAAACGC AACUAAUAUUGUACGUUUUAACCGUAAAGCAGCUUUCGCUGUUUAAUAAU UACUUUUAAUUUAAAAACCUAAUUUUUUUAGGAAUUUAUUUAUUUAUUGU UUAUCCUGCUUAAUGAAUUAAAAAAAGCUAUACUUGUGAAUAAACGCAUA AUUUAAAAAAACGGACGUGGGUUCAAAUCCCACCAGCUCC Structure data (((((((............((((((((...((((((((...((...(((( ((((((..[[.[[...)))))......]].]].................. .................................................. .................................................. ...............................))))).....))..))))) )))..))))))))...(((((.......))))))))))))
satellite tobacco mosaic virus (J. Gen. Virol., 75: 2851-2856, 1994)
	Sequence UGAACCUCGACAUAAGCCUUUUGGAUCGAAGGUUAAACGAUCCGCUCCUC GCUUGAGCUUGAGGCGGCGUAUCUCUUAUGUCAACAGAGACCACUUUGGU CUAUGGUUGUAUAACAAUAGAUAGACUCCCGUUUGCAAGAUUACAAUUGG GAGAUCUUGCCGUUAGUCUGGUUAGCGCGUAACCGGCCUUGAUUUAUGGA AUAGAUCCAUUGUCCAAUGGCUUUGCCAAUGGAACGCCGACGUGGCUGUA UAAUACGUCGUUGACAAGUACGAAAUCUUGUUAGUGUUUUUCCCUCCACU UAAAUCGAAGGGUUUUGUUUUGGUCUUCCCGAACGCAUACGUUAGUGUGA CUACCGUUGUUCGAAACAAGUAAAACAGGAAGGGGGUUCGAAUCCCUCCC UAACCGCGGGUAAGCGGCCCA Structure data ..............((((((..[[[[[[))))))...]]]]]]((((.[[ [[[[))))...]]]]]]((((.[[[[)))).....]]]]........((( ((((.(((((...)))))..))))))).......((((((((........ ..)))))))).(((((.(((((((.....)))))))..)))))..((((( .....)))))..((((.((((...)))).))))..(((.[[[[))).... ....]]]](((.[[[[[[.)))....]]]]]]((((.....[[[[[)))) ......].]]]].(((((((....[[[[[((((((...(((.(((..... ))).)))))))))))))))).......]]]]]((((.......))))((( ...[[[[)))...]]]]....
satellite tobacco necrosis virus 1 (PseudoBase; http://wwwbio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html)
	Sequence UAAUCCCAGAGGUUCACAAUGUUAGUGAUGGGGCGCUGAAAGAUGCGUAG CUACCCUUCUGGAGCCACUUCCUGGUGGUAAGCAGAAAUCCAAGGGUACG GUGGUACGGUGGAAAGCAGUCCCAGCUCUGCAUUGGGAACCGGCUUACAC CCAGCUUAGGGCUAAAGUGUACUACUUGCUCAUUUGUAGUCUAAAUGAGA CGUUGGCCUCGACGUGUCGAGGUGGCCUAAGGGAUUGGAACCCCUGAUGG UC Structure data ............(((..................(((.........((((. .((((((..(((((((((......))))).........)))))))))).. ....))))))))))(((..[[[[[)))......]]]]]....(((....[ [[)))...]]].........(((((...[[[[[[[)))))..]]]]]]]( (((..[[[[[[))))..]]]]]]((((..((((........))))...)) ))
tobacco mosaic virus (Pseudobase; http://wwwbio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html)
	Sequence UGCAACUUGAGGUAGUCAAGAUGCAUAAUAAAUAACGGAUUGUGUCCGUA AUCACACGUGGUGCGUACGAUAACGCAUAGUGUUUUUCCCUCCACUUAAA UCGAAGGGUUGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAU ACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCC CCGGUAGGGGCCCA Structure data ((((.(((((.....))))).)))).........(((((.[[[[))))). ..]]]](((.[[[[[[)))...]]]]]]((((.....[[[[[)))).... ..].]]]].(((((((....[[[[((((.....((((((((.....)))) ))))))))))))))).......]]]]((((.......))))(((...[[[ [)))..]]]]....
turnip yellow mosaic virus (PseudoBase; http://wwwbio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html)
	Sequence UUAGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCCCCACACGACAGAUAAUCGGGUG CAACUCCCGCCCCUUUUCCGAGGGUCAUCGGAACCA Structure data ....(((((......))))).((((((.......))))))....((((.. .....))))(((...[[[[[[)))...]]]]]]...
Coxsackie (Seminars in Virology 8: 166-175, 1997)
	Sequence UUUUAGAUUAgAGACAAUUUGAAAUAAUUUAGAUUGGCUUAACCCUACUG UGCUAACCGAACCAGAUAACGGUACAGUAGGGGUAAAUUCUCCGCAUUCG GUGCGGAAAAAAAA Structure data ((((....(.(((.(((((((((....))))))))).))).)(((((((( ((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((.(((((.]]]] ]]))))).))))))
E. coli  Cysteiny1-tRNA (Structure Fold Des. 7: 143-156, 1999)
	Sequence GGCGCGUUAACAAAGCGGUUAUGUAGCGGAUUGCAAAUCCGUCUAGUCCG GTUCGACUCCGGAACGCGCCUCCA Structure data ((((.((.(.[.)..(.(....]..(...............)....[[[[ [..)..).]]]]])).))))....
Hepatitis delta  virus (Pseudobase; http://wwwbio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html and PNAS. 97: 6515-6520, 2000)
	Sequence UGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACAUUCC GAGGGGACCGUCCCCUCGGUAAUGGCGAAUGGGACCCACAAAUCUCUCUA GAUUCCGAUAGAGAAUCGAGAGAAAAGUGGCUCUCCCUUAGCCAUCCGAG UGGACGUGCGUCCUCCUUCGGAUGCCCAGGUCGGACCGCGAGGAGGUGGA GAUGCCAUGCCGACCC Structure data .(((((((..[[[[[[[(((.[[.....))))))))))]]....(((((( (((((((...))))))))).)))).....]]]]]]]......((((((.. (((((.......)))))))))))....(((((.......)))))(((((( .((((....))))...))))))......((((((..........((((.. ..))))...)))))).
E. coli  alpha operon mRNA (Pseudobase; http://biology.leidenuniv.nl/~batenburg/PKBase/PKB00071.html)
	Sequence UGUGCGUUUCCAUUUGAGUAUCCUGAAAACGGGCUUUUCAGCAUGGAACG UACAUAUUAAAUAGUAGGAGUGCAUAGUGGCCCGUAUAGCAGGCAUUAAC AUUCCUGA Structure data (((((((.(((((........[[[[....[[[[....{{{{.)))))))) ))))..........................]]]].....]]]]....... ....}}}}